故事背景
故事背景和简述基本上交代了游戏的整个流程，不喜欢剧透的可以跳过。
最后的希望发生在地球上空间纪元（S.D.）0010年的世界毁灭边缘。公元2064年，世界共和政体联盟间的冲突引爆第三次世界大战，双方动用大规模杀伤性武器，地球陆地遭受重创。濒临末日之际，双方宣布停火。战后，人口锐减，环境恶化。幸存者迁入地下城市，联合组成“大联合国”，并设立普通科学和技术管理研究所（USTA），任务是为人类寻找外太空新家园。公元2087年，研究员Trillas Bachtein的曲线驾驶实验成功，太空旅行取得突破。S.D. 0001年，USTA秘密提出太空勘测力量（SRF）项目，并于S.D. 0010年派出首批人类远征军探索外星。
故事简述
埃奇·马弗里克与好友莱米·桑吉、克罗·阿尔梅德作为SRF成员，登上Calnus飞船执行探索任务。飞船进入多维空间时遭遇流星雨，迫降于Aeos星球。埃奇与莱米在搜索中发现坠毁飞船及幸存者，并在神秘战士Faize Sheifa Beleth帮助下击败怪兽。三人返回Calnus飞船后，得知Elderians人与地球的同盟关系。修复飞船后，他们继续探索。
在SRF操作者韦尔奇·维亚德协助下，团队前往Lemuris星球，遇到小女孩Lymle Lemuri Phi。他们发现坠毁的Cardianon飞船及将人石化的感染源。Cardianon人将同类改造成怪物，团队遭遇Morphian cyborg Bacchus D-79后，因超高度飞行坠入银河裂缝。返回基地途中，他们被困漩涡，降落在1958年的地球。
在1958年的地球，Calnus飞船与莱米被政府捕获。团队遇到科学家克劳斯，设计营救计划。他们结识被囚禁的猫型类人Meracle Chamlotte并获其加入。面对指挥官Nicole的选择，埃奇为保护同伴妥协，却导致技术被用于制造武器。最终克劳斯牺牲，地球毁灭，Calnus飞船被送回原时空。
与SRF总部失联后，团队推断身处平行维度。埃奇因自责陷入低谷，莱米带领团队在Roak星球收集物资。他们结识Featherfolk女性莎拉·杰兰德，并遭遇邪教组织。先知Eleyna预言埃奇需承受选择的代价。团队击败邪教头目Tamiel，救出莎拉。Faize发现邪教屠杀游牧民族，深受冲击。
埃奇重新振作后，Bacchus揭示其使命是消灭“失踪过程”项目——强制进化变异的生物。韦尔奇通知AEOS指挥中心失联，团队前往调查时遭遇神秘力量袭击。克罗与Elderian战士Arumat现身救援。克罗透露已放弃任务，寻求摧毁失踪过程。Arumat称Elderian家园遭幻影摧毁，Faize随克罗与Arumat离开。克罗在太空与幽灵船作战，保护Elderian难民，Faize目睹难民船接连被毁，最终加入战斗。
团队定位并破坏AEOS上的晶体碎片，说服Arumat加入。Bacchus通知前往Morphus家园恩二世。团队得知失踪过程是吞噬其他维度的实体。幻影袭击恩二世，团队成功防御。Calnus被改造成军舰，埃奇对和平勘探船军事化感到沮丧。团队制定计划：利用“氮氧化物暗纹”将晶体碎片能量反馈给失踪过程本体。Morphian舰队攻击暗纹时，月球基地被毁。克罗现身牺牲自己破除障碍，团队进入暗纹。
暗纹内部由Cardianon母舰构成，充满怪物。团队穿越数层后进入皇宫，遭遇使徒。使徒宣告同化不可避免，战败后显露真身——被失踪过程同化的Faize。击败怪物后，月亮开始崩塌。埃奇试图拯救Faize，两人坠入维度门户。埃奇在异空间与克罗、Faize重逢，三人团聚后返回Calnus飞船。
Elderian指挥官Gaghan确认Lemuris星球是Elderian祖先迁徙地，两族计划共同殖民。指挥官“光速”肯尼给予埃奇传播技术的机会。埃奇发表演说，强调技术贸然给予未准备文明的灾难性后果。Morphian代表同意监控失踪过程，Elderians决定在Lemuris剥离先进技术，重新开始。人类留下Elderian技术，独自发展。
船员解散后各归故里。Faize从异维度返回，见Lymle与祖父石像对话。Myuria找到幸福，Bacchus恢复血肉之躯与妻子团聚。Arumat成为空间流浪者，保护所遇之人。Meracle回归Eleyna与莎拉身边，莎拉学会飞翔。克罗在Roak海岸与Eleyna结婚。埃奇与副驾驶Reimi再次登上Calnus马赫二号，怀揣对老友的思念与对星辰大海的憧憬启航。