第二话 异界化王都
本话期间，前往书库寻找发光点，即可获得《红曜石》全套书籍。
在翡翠回廊BOSS战后方的位置会出现传送阵，通过该传送阵即可抵达第二话的舞台——利贝尔王国的王都格兰赛尔。
初期仅开放南街区与北街区。请按地图收集所有宝箱（内含重要回路与装备），调查月之门2和太阳之门②（目前尚无法进入），并查看南街区的石碑（后续遇到新石碑与门请尽早调查，不再赘述），随后向北进发。在星之门①处调查后抵达王城门口，与门口的魔兽交战。此战敌人数量多且攻击高，建议开场使用S技秒杀周围小怪，随后集中攻击中间的钢枪王者；亦可利用提妲的烟幕弹使周围小怪致盲后逐个击破。战斗结束后，南街区通往东街区的结界将解除。
进入东街区的帝国大使馆会触发强制战斗。敌人会蓄力释放具备即死效果的“胧”，务必打断。
战斗后获得新的封印石，收集附近宝箱后返回据点解封，穆拉加入队伍，北街区通往东、西街区的结界随之解除。
PC版玩家首次操控穆拉，其物理攻击力名列前茅，普通攻击即可造成巨额伤害。穆拉加入后，编队系统与援护系统开启，可在据点左上角进行编队。同时星之门①开放，将穆拉与尤利娅编入队伍即可进入。PSP版中尤利娅与穆拉战技消耗CP减少、硬直缩短、效果增强。
【星之门①】
主角为尤利娅与穆拉，触发剧情战，难度较高。胜负仅影响后续对话，不影响奖励。
要点：穆拉在首次行动及HP降至8000后的第二次行动时会使用S技“破邪显正”，这两次必须用尤利娅的战技防御，其余魔法用于回复，最终可消灭对手。本门奖励3000米拉与回路“耀脉”。
随后进入西街区。收集宝箱、调查星之门②后前往码头，在码头东北角仓库内触发强制战斗（敌人弱风且物理防御低，直接攻击即可）。战斗后获得“山猫号”钥匙，即可进入停靠在码头最南端的山猫号。在山猫号内获得封印石，返回据点解封，乔斯特加入，王立竞技场入口结界解除。
乔斯特战斗能力中庸，但作为援护角色可大幅提升物品掉落率，在晶片紧缺的3rd中极为重要。乔斯特加入后，太阳之门①开放。
【太阳之门①】
剧情后为射击小游戏，新手可选EASY难度，不影响奖励。胜利后获得3000米拉与回路“探知”，乔斯特习得S技“山猫号”（若第六话与空贼团剧情战时仍未学会，届时将直接习得“山猫号II”）。
进入王立竞技场。竞技场内设有石碑，请在此调整队伍，因后续战斗敌人会使用全体攻击，队伍中至少需有一人习得“回复术·复”等回复魔法。
继续前进为三联战，前两战为杂兵级战斗，敌人此前均已遭遇。请注意每战结束后HP、EP不会回满，因此在第二战最后一击前需确保全员HP、EP、CP充足。
第三战BOSS周围的小怪死亡后会自爆，切勿靠近。此战敌人弱时属性。战斗后获得封印石，解封后空之轨迹FC、SC男主角约修亚加入，格兰赛尔王城大门结界解除。
约修亚的物理攻击、魔法能力与战技均极为优秀，此后相当长时间内均可作为队伍主力参战。
接下来向王城进发，队伍中必须携带尤利娅（亲卫队队长职责所在）方可进入。
进入后触发剧情战，敌人弱火。王城内宝箱众多，途中会遇到基尔巴特，此人也进入了异空间，作为异空间中仅有的NPC，今后将多次出现并被营救。
营救基尔巴特后进入女王宫，在阳台获得“宝物库的钥匙”。女王宫内可获得回路“阳炎”，任意战斗角色装备后在迷宫中躲避敌人将更为便利。
持钥匙打开地下一层宝物库大门，通过电梯进入封印区域，一直前进即可看到终点的石碑。
本话BOSS战难度不高，开场在尤利娅“号令”下使用约修亚的S技“幻影奇袭”清理周围小怪（小怪会为BOSS回复HP），随后集中火力即可消灭BOSS。BOSS会驱动“炼魔咆哮”提升自身STR，最好在驱动时打断。
战斗后获得新的封印石，第二话结束。