终章 历经磨难 终达彼岸
终章开启后，玩家可以在大树下的书架上找到利贝尔通讯2002年后期至2003年前期（SC部分）。注意，这里会获得一期SC游戏中不会出现的通讯，其中详细介绍了方舟事件的解决过程。如果此前已收集全部书籍，此时将获得饰品「翡翠头环」，该饰品能防止所有状态异常并大幅提升能力值。
对于PSP版玩家，终章开始后，可在庭院的泉水处获得回路。若战斗次数超过300次且逃跑次数为0，将获得「神镜」回路（地6火8空4，50%几率反射物理攻击，最大HP-20%）；若战斗次数超过300次且逃跑次数达到300次，将获得「魔镜」回路（水8风6幻4，50%几率反射魔法，最大EP-30%）。
终章终于到来，凯文不再是队伍中的常驻角色，此时玩家可以自由编组任意四名角色进入队伍。与塞雷斯托对话，即可开启新地图——「深渊」。深渊内的敌人经验值很高，由于最终决战需要全员上场，建议通过深渊将所有队员的等级提升至130级（虽然有资料显示不到130级也可行，但要求最后的四个队伍中每队至少有一名主力角色等级不低于130级，否则初期战斗会比较艰难）。
深渊的结构较为简单，一条路走到底即可。需要注意第四个BOSS「大天使羊」的出现条件：击败前三个BOSS后，若没有经过深渊入口的石碑进行传送，大天使羊就会出现在深渊的终点。由于无法使用入口处的石碑传送，第一批队员只能一直前进到终点前的星之门15才能返回据点。好在前三个BOSS难度不大，大多数人员配比都能轻松通过。
第一个BOSS会使用魔法「苍白地狱」攻击，附带气绝效果，弱点是幻属性。第二个BOSS可能会使用即死攻击，建议开场爆发S技清理。第三个BOSS会使用冰冻攻击，建议开场爆发S技清理小怪。继续前进会看到最后一扇门——星门15，建议调查完毕后返回据点，带上玲和科洛丝，直接传送回星门15。
【星之门15】队伍中有玲即可进入，这段剧情在不同版本中有不同内容，具体问题此处不细说，建议想深入了解的玩家去玩《零之轨迹》，其中对这个问题有明确解答。
继续前进，遭遇深渊第四个BOSS大天使羊，直接使用科洛丝的第二个S技——「圣星光旋」——即可直接秒杀。建议开场用数字键直接抢S。由于天使羊回避率和防御力都很高，且魔法攻击无效，科洛丝的「圣星光旋」这个物理攻击、魔法计算的S技效果显著，能造成极高伤害（只要没装备减少ATS的装备回路都可以秒杀）。其他人物在堆高STR的前提下使用满CP的S技也能造成不小伤害，但凯文的「魔枪洛亚」和「圣枪乌尔」、理查德的「残光破碎剑」都有魔法属性，因此对天使羊无效。深渊的4个BOSS每击败一个都会获得塞姆里亚石，拿着这个与塞雷斯托对话即可制作最终武器。继承过存档的玩家在第六章开始时已制作，未继承3rd存档的只能现在制作了。
出发前记得把剩下的门都打开。
【太阳之门③ 里·武术大会】（噩梦难度）拿着深渊中宝箱获得的「里·武术大会参加许可证」即可进入，这次是四连战，四场战斗的对手都很强大，建议组建最强队伍来挑战。胜利后获得20000米拉和「魂之理」（回路，战斗中自动减EP补充CP，是唯一一个可以自动回复CP的回路）。PSP版玩家若带着亚妮拉丝来挑战，胜利后武器「利剑·迅羽」会得到强化，强化后的属性值比用塞姆里亚石制作的武器还要强。
【太阳之门⑤】要求拥有全部种类的耀珠才能进入，是一个问答小游戏，问题均关于轨迹系列的各种细节，考验玩家的细心程度。PSP版玩家注意，PSP版追加了一个Maniac难度，奖品为「刻耀珠」（驱动3，驱动时间减少95%，STR/DEF降低20%，ATS降低15%）。
【星之门13】需要战斗胜利400次才能进入，基本上不在深渊刷怪很难达到400战，实在懒得打的可以用修改工具修改一下。门内会看到关于帝国游击士协会被袭击事件的调查报告，时间大致是FC前后的一段时间，可以了解卡西乌斯离开家之后的部分行动。奖励10000米拉和防具「狩猎重铠」。
【星之门14】完成其他所有的门之后即可进入，可以看到关于结社的「幻焰计划」的一些端倪。奖励30000米拉和饰品「炽煌之冠」。