本文内容均依据游戏内的剧情、文物、音频及文字档案整理而成。由于众多关键资料并未记录具体时间，部分内容需通过推测进行串联。本人曾体验过破解版，已集齐所有单人模式的收集品，但因无法获取联机任务的收集品，本文内容可能存在不完整之处，甚至与官方资料有所出入。目前正考虑入手正版，这可是一笔不小的开销。
在《死亡空间3》中，新登场的霸主殖民地势力（简称SC）彻底改变了地球政府在该系列历史中独占“官方组织”地位的局面。虽然游戏未明确说明，但从SC官方文本中反复提及的“分裂分子”，以及双方旗帜和臂章的差异可以推测，地球政府最终推翻了SC，统治了200年，直至本作中被统一教推翻。
让我们将时间倒回本作开始的200年前。一支霸主殖民地武装（简称SCAF）特遣舰队从内战中抽身，悄然抵达了人类探索的极限行星——T-沃兰提斯。这实属SC的无奈之举，他们在内战中已显败势，迫切需要寻找无限能源来扭转局面，于是利用早前复制的三个红色信标定位到了这里。随后，他们重用以塞拉诺教授为首、立志造福人类的科学家团队，对这颗所谓的“神印家园”展开科考。
SCAF特遣舰队核心人物
塞拉诺教授：在众多跨越时代的文艺作品中，总有一位实力超群却无主角光环的悲剧角色，跨越时光为真正的主角指引方向，塞拉诺教授正是如此。他从一开始就怀着造福全人类的热忱投入研究。在神印与“卫星”的双重影响下，他通过多方面调查逐步接近真相——从通过“纽带”的神经脉冲找到“远古机器”的位置，再到借助唯一幸存的正常罗塞塔揭示“远古机器”的真实用途及“卫星”的真面目。然而，就在关键时刻，同属SCAF的保守派马哈德少将从中作梗，令他郁郁而终。但他留下的大量线索，为艾萨克提供了宝贵指引，最终助其超越前人，实现了塞拉诺200年前未竟的愿望。
马哈德少将：特遣舰队二把手，典型的职业军人，将效率与忠诚置于首位。他做出将备受非议的163死神部队带在身边的奇怪举动，并在上司舰队司令官格拉弗斯发疯后掌握了舰队实权。由于对此次行动本就心存不满，加之与塞拉诺性格不合，他不断给后者制造麻烦。后来，他更背着塞拉诺向殖民地议会提议通过第5号预案以抹除一切，最终导致教授的计划破产。但他并非懦夫，最终以自尽的方式完成了第5号预案。然而，他的所作所为仅是将末日推迟了200年，把烂摊子留给了艾萨克，并间接导致SC退出了人类历史舞台。
司令官格拉弗斯：特遣舰队一把手，塞拉诺的支持者。可惜她在抵达T-沃兰提斯后不久，便在神印与“卫星”的影响下发疯。其继任者马哈德少将最终破坏了塞拉诺的计划。而她的疯言疯语也误导了艾萨克，使其在很长一段时间内都想着“关掉它”，试图去关闭所谓的麻烦源头——“远古机器”。
拉姆利军士长：舰队地面部队补给站站长。表面上看，他只是文档和语音中被提及的小人物，却因掌握所有地面部队的给养并留下唯一的时间记录，而成为历史上留名的重要人物。他在与坠落的富兰克林号穿梭机上那些受神印和“卫星”影响的士兵接触后最终发疯，毁掉所有补给，变成了以尸变体为食的活尸（类似2代的娃娃怪但更瘦小），成为行星上出现活尸的罪魁祸首，最终多半死于探索补给站的艾萨克枪下。
提姆·考夫曼：列兵，路人角色。根据军械库支线的资料，他应是其中一名守卫。在接到塞拉诺教授绝望的请求后，作为为数不多的正常人，他毅然帮忙寻找密匙。虽表现出色但昙花一现，最终被为完成第5号预案的马哈德少将所杀，令教授郁郁而终。
山姆·阿克曼：列兵，另一名路人角色。资料显示，他是行星中继站中唯一拒绝食用尸变体并幸存下来的正常人，他躲开身边众多前战友的技巧也为艾萨克提供了宝贵提示。在接到塞拉诺的请求后，他与提姆并肩作战，最终双双身亡，将重任留给了200年后的艾萨克。（此人命运悲惨，不玩联机又不看序章简介的玩家多半会忽视他的存在，仅将其当作语音文档里的一个路人。）
SCAF：本作新登场的已灭亡势力武装部队。据资料推测，霸主殖民地并非行星上的废弃基地（第5号预案的目的正是保护霸主殖民地和人类），而是位于他处、以白色雄鹰为象征的强大势力，其势力足以取代地球成为人类统治者。然而在200年前，面对内忧外患——分裂分子（即后来的地球政府）的内战与此次远征失败的双重打击，最终退出了历史舞台。
特遣舰队作为亲历者，虽仅在序章中昙花一现，但根据军士长拉姆利的记录和序章初始显示的时间，可发现SCAF已在T-沃兰提斯停留近3年。拉姆利在2311年8月29日的记录中提到，初始降落区已建成，富兰克林号（坠毁导致补给站灭亡）和克罗吉亚号（艾萨克一行抢滩所用）已带着挖掘队与科研人员登陆行星，说明第一批人员到来的时间更早。而序章中提姆和山姆出场的时间是2314年6月18日，可见特遣舰队在无外援且自身麻烦不断的情况下，苦苦支撑了3年。