1、基地无法直接扫描获取情报了。玩家加入死神派系后，可以前往死神基地进行扫描来获得情报。
2、士兵新增了意志条系统。推测意志值会随着行动减少（而非回合制减少）。当意志值降低至四分之一时，士兵会进入疲劳状态。返回基地后，意志值会随时间逐渐恢复。疲劳状态下的士兵仍可出战，但推测会有负面效果。
3、完成一项科技研究后，会随机跳出突破科技选项。这类选项有时间限制，若不立即研究就会消失。例如，完成模块武器研究后，曾出现过为期5天的电厂资源减半，以及死神武器增加一个插槽的突破选项。
4、士兵之间新增了好感度系统。当好感度满值后，可以结为同伴，并获得额外技能。同伴有独立的等级体系，且每位士兵只能与另一名士兵结成同伴关系。
5、士兵新增了“聪明程度”属性。执行特殊动作时，有概率获得技能点，可用于购买技能。例如游侠职业，升级时选择隐密路线，再消耗10点技能点可习得“刀剑大师”。某些等级会提供额外的3个技能选项，推测已取消原有的随机赠送技能机制。游侠拥有66%爆炸伤害减免，专家则具备移动后射击的能力。聪明程度分为天才、有天赋、高于平均、普通四个等级。由于难度设置，未出现低于普通的描述。开局第一关的4名士兵均为天才，不知是否固定如此。理论上可以培养出全技能的强力士兵。
6、原有的高级战术中心被拆分为两个独立设施：训练房和医疗室。训练房可用于重置技能点并使用技能点购买新技能；医疗室则用于加快恢复速度和消除角色的负面效果。
7、每月初可以分配派系特性。例如第二周的特性可以是隐密行动不会被埋伏，以及雇佣兵消耗减少15补给。由于尚未建造议事厅，只能启用一个派系特性。若三个派系全部开发完成，推测可同时选择4个特性。
8、每月派系会提供派遣任务，类似于《刺客信条：兄弟会》的派遣机制。执行任务期间，派遣的士兵在数日内无法使用。部分任务会附带个人奖励，例如骇客能力+3、命中率+5等。无法派遣处于疲劳状态的士兵执行任务。
9、原有的两个DLC内容已整合，不再直接赠送三把武器和冰雷。科技研究中新增了武器研究分支，完成后会随机获得其中一把武器。
10、特殊武器需要先进行研究，然后在试验场生产。每种特殊武器只能制造一件，相比原版直接拾取更为繁琐。但优势在于，只要研究了相关科技，即可对武器进行升级，无需通过击败裁决者来获得升级。机器人也可以直接在试验场制造。
11、某些化身设施的情报显示有裁决者守卫，表明裁决者不再是随机出现，而是固定作为化身设施的BOSS。若想体验原版随机遭遇裁决者的机制，可在开档时不选择整合DLC。看到特殊武器可以研究时，曾担心与天选者战斗时会有裁决者出现，现在无需担忧了。
