第二话 异界化王都
本话任意时间，前往书库找到发光点，就会得到书籍《红曜石》全套。翡翠回廊BOSS战后面的位置出现了传送阵，经过传送阵就会进入第二话的舞台——利贝尔王国国都格兰赛尔。
现在只能进入南街区和北街区，按地图收集所有宝箱，获取重要的回路和装备。调查月之门2和太阳之门②（目前无法进入），并查看南街区的石碑（后续遇到新石碑和门请尽快调查）。接着向北前进，在王城门口与门口的魔兽战斗。此战敌人数量多、攻击力高，建议开场使用S技秒杀周围小怪，然后集中攻击中间的钢枪王者。也可使用提妲的烟幕弹使周围小怪致盲后逐个击破。战斗后，南街区通往东街区的结界解除。
在东街区进入帝国大使馆会触发强制战斗。敌人会蓄力释放即死效果的“胧”，务必打断。战斗后获得新的封印石，收集附近宝箱，返回据点解封，穆拉加入。北街区通往东街区、西街区的结界解除。PC版玩家注意：穆拉首次成为可控角色，拥有全队顶尖的物理攻击力，普通攻击就能造成巨大伤害。穆拉加入后，编队系统和援护系统开启，可在据点左上角进行编队。同时星之门①开放，将穆拉和尤利娅编入队伍即可进入。PSP玩家注意：尤利娅和穆拉的战技消耗CP减少，硬直时间缩短，效果增强。
【星之门①】
主角是尤利娅和穆拉，有一场剧情战，难度较大。胜利与失败只影响后续对话，不影响奖励。战斗要点：穆拉开场首次行动及HP降至8000后的第二次行动都会使用S技“破邪显正”，这两次必须用尤莉亚的战技防御，其余魔法用于回复，最终可消灭对手。本门奖励3000米拉和回路“耀脉”。
接着进入西街区。收集宝箱、调查星之门②后向码头进发，在码头东北角仓库内发生强制战斗。敌人弱风、物理防御力低，直接攻击即可。战斗后获得山猫号的钥匙，可进入停靠在码头最南部的山猫号。在山猫号内获得封印石，返回据点解封，乔斯特加入，王立竞技场入口结界解除。乔斯特战斗能力中庸，但作为援护角色能大幅提升物品掉落率，在晶片紧张的3rd中极为重要。乔斯特加入后，太阳之门①开放。
【太阳之门①】
剧情后是射击小游戏，新手可选择EASY难度，不影响奖励。胜利后获得3000米拉和回路“探知”，同时乔斯特学会S技“山猫号”（若第六话与空贼团剧情战时仍未学会，届时将直接学会山猫号II）。
进入王立竞技场。竞技场内有石碑，可在此调整队伍。接下来敌人会使用全体攻击，因此至少一人要掌握“回复术·复”等回复魔法。继续前进是三联战，前两战为杂兵级战斗，敌人之前遇到过。注意每战结束后HP、EP不会回满，因此第二战最后一击前最好攒满全员HP、EP、CP。第三战BOSS周围的小怪死后会自爆，切勿靠近，此战敌人弱时属性。战斗后获得封印石，解封后，空之轨迹FC、SC的男主角约修亚加入，格兰赛尔王城大门的结界解除。约修亚的物理攻击力、魔法能力、战技等都很优秀，此后相当长时间内，约修亚都可作为队伍主要战斗力参战。
接下来向王城进发，此时队伍中必须带尤利娅（亲卫队队长职责所在）才能进入。进入后发生剧情战，敌人弱火。王城内宝箱很多，路上会遇到基尔巴特，此人也进入了异空间，是异空间之旅中仅有的NPC之一，也是重要乐趣来源，今后会多次营救。救完基尔巴特后进入女王宫，在阳台上获得“宝物库的钥匙”。女王宫内可获得回路“阳炎”，任意战斗角色装备后走迷宫躲怪会更方便。
用钥匙打开地下一层宝物库大门，通过电梯进入封印区域，一直前进很快能看到终点的石碑。本话BOSS战难度不大，开场在尤利娅“号令”下使用约修亚的S技“幻影奇袭”清理周围小怪（小怪会给BOSS回复HP），接着集中火力消灭BOSS。BOSS会驱动“炼魔咆哮”提升自身STR，最好在驱动时打断。战斗后获得新的封印石，第二话结束。