在开始之前，本文内容基于游戏中的剧情、文物、音频和文字档案整理而成。由于许多重要资料未标注时间，只能通过推测将它们串联起来。作为破解版玩家，我已收集所有单人模式的收集品，但联机任务的收集品无法获得，因此内容可能存在不完整或与游戏资料有出入之处。
DS3中新增的霸主殖民地势力（简称SC）打破了地球政府在DS系列中独霸官方组织的地位。游戏虽未明确说明，但从SC官方文本中反复提及的分裂分子以及双方不同的旗帜和臂章推测，地球政府最终推翻了SC，统治了200年，直到本作被统一教推翻。
回溯到本作开始前200年，一支霸主殖民地武装（简称SCAF）特遣舰队从内战中抽身，悄然抵达人类能到达的最远行星T-沃兰提斯。这是SC的无奈之举，内战中SC渐露败势，迫切需要无限能源来扭转局面，于是利用复制的三个红色信标定位发现了这里。随后，他们重用以塞拉诺为首、旨在造福人类的科学家们，对这个所谓的神印家园展开科考。
在正文开始前，先认识一下SCAF特遣舰队中的主要人物，他们的存在或多或少影响了舰队的命运，甚至在200年后仍影响着我们英勇的宇宙工程师艾萨克。
塞拉诺教授：如同许多跨越时代的电影、小说或游戏，总有一个强大却无主角光环的悲剧角色，跨越时光为真正的主角指路，塞拉诺博士正是如此。他从一开始就怀着造福全人类的热忱投入研究，抵抗着神印和卫星的双重影响，通过多方面调查逐步接近真相，从通过纽带的神经脉冲找到远古机器的位置，再到通过唯一存活的正常罗塞塔发现远古机器的真实用途和卫星的真面目。然而，在关键时刻，他被同属SCAF的保守派马哈德少将干扰，郁郁而终，但他留下的大量线索为艾萨克提供了宝贵指引，最终让后者超越了自己，达成了200年前的愿望。
马哈德少将：特遣舰队二把手，典型的职业军人，重视效率和忠诚胜于一切。他做出了将完全不被接受的163死神部队带在身边的奇怪行为，在上司舰队司令官格拉弗斯发疯后掌握了舰队实权。由于对此次行动一开始就不满，且与塞拉诺性格不合，他一直在给后者制造麻烦。后来，他还背着塞拉诺向殖民地议会提议通过第5号预案，用于抹除一切，最终导致教授的计划破产。但他并非胆小鬼，最后通过了结自己的生命来完成第5号预案。然而，他所做的只是将末日推迟了200年，将烂摊子留给了艾萨克，并间接导致SC退出人类历史舞台。
司令官格拉弗斯：特遣舰队一把手，塞拉诺的支持者。可惜她在抵达T-沃兰提斯后不久，就在神印和卫星的影响下发疯，其继任者马哈德少将最终破坏了塞拉诺的计划。而她的疯言疯语也误导了艾萨克，让他在很长一段时间内都想着关掉所谓的麻烦源头——远古机器。
拉姆利军士长：舰队地面部队补给站站长。乍看之下，他只是在文档和语音中被提及的小人物，却因掌握所有地面部队的给养并留下唯一的时间记录，而成为历史上留名的重要人物。他在与坠落的富兰克林号穿梭机上那些被神印和卫星影响的士兵接触后最终发疯，毁掉所有补给，成为以尸变体为食的活尸，是行星上出现活尸的罪魁祸首，最后多半死在探索补给站的艾萨克枪下。
提姆·考夫曼：列兵，路人甲。根据军械库支线的资料，他应该是其中一名守卫。在接到塞拉诺教授绝望的请求后，作为为数不多的正常人，他毅然帮忙寻找密匙，在短暂的出色表现后，最终被为完成第5号预案的马哈德少将所杀，导致教授郁郁而终。
山姆·阿克曼：列兵，路人乙。资料显示，他是行星上中继站中唯一一个拒绝食用尸变体而幸存下来的正常人，他躲开身边众多前战友的技能也给了艾萨克宝贵的提示。在接到塞拉诺的请求后，他毅然与提姆并肩作战，最终双双身亡，将担子留给了200年后的艾萨克。此人命运悲惨，不玩联机或不看序章简介的玩家多半会忽视他的存在，只把他当作语音文档里的一个路人。
SCAF：本作新出现的已灭亡势力的武装部队。通过资料推测，霸主殖民地并非行星上的废弃基地，而是在其他地方的一个以白色雄鹰为象征、势力强大到足以取代地球作为人类统治者的大型殖民地势力。然而，200年前，在内忧外患之下，面对分裂分子（后来的地球政府）的内战和此次远征失败的双重打击，最终退出了历史舞台。
特遣舰队作为当事人，虽然只在序章中昙花一现，但根据军士长拉姆利的记录和序章一开始显示的时间，可以发现SCAF已在T-沃兰提斯停留近3年。拉姆利在2311年8月29日的记录中提到初始降落区已建好，富兰克林号（已坠毁导致补给站灭亡）和克罗吉亚号（艾克萨一行用来抢滩）带着挖掘队和科研人员登陆行星，说明第一批人员到来的时间更早。而序章中提姆和山姆出场的时间是2314年6月18日，特遣舰队在没有外援且自身麻烦不断的情况下苦撑了3年。