《特克斯·墨菲：潘多拉指令》将玩家带入2043年4月的旧金山，在那里第三次世界大战后，地貌上仍留有冲突的痕迹。这个设定呈现了一个被分为两个群体（突变体和正常人）的世界。玩家扮演特克斯·墨菲，一位以敏捷思维和足智多谋著称的私家侦探。故事始于特克斯接到戈登·菲茨帕特里克的电话，请求他帮忙寻找失踪的朋友托马斯·梅洛伊。起初看似简单的人口失踪案件，很快演变成充满阴谋与悬疑的复杂叙事。随着特克斯深入调查秘密，他发现了层层阴谋，这些阴谋与历史事件交织在一起，尤其是有关新墨西哥州罗斯威尔UFO坠毁事件的传闻。《特克斯·墨菲：潘多拉指令》的剧情因军方在罗斯威尔基地周围的神秘行动而愈发紧张，引发了对事件真实性质的关注。特克斯的调查将他带往不同的环境，让玩家能够探索细节丰富的世界。游戏中的自由移动意味着玩家可以与环境互动，寻找可能指向真相的线索。与环境互动成为体验的重要部分，因为每个物体都可能包含拼图的一块碎片。特克斯所遇到的角色同样多样，如同背景环境本身。
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